После истории S.T.A.L.K.E.R. ЧН прошло время:
Болото, Лиманск, Рыжий лес теперь находятся под огромным уровнем радиации пройти туда никак невозможно!
«Ренегаты» были уничтожены полностью! Так как группировке «Чистое Небо» некуда было идти они разместились на территории «Агропрома». Шрам выжил и стал расти по карьере в ЧН!
Став одним из лидеров, решил узнать, почему Стрелок так сильно ломился в центр Зоны (разгадкой является «Центр управления Монолитом») начал искать Призрака, для того чтобы понять причину! И Шрам, одев свой старый плащ, взяв Винтарь, денег и снарягу на первое время отправился на поиски!
В первый раз найдя Призрака в тайнике группировки Стрелка! Тот собирается на Янтарь и поэтому предлагает Шраму сходить к Бармену, мол, в Баре новостей больше. Бармен дает задание забрать документы из Заброшенной деревни на Военных складах.
В "Темной долине" будет добавлена группировка "Антанта" состоящая из союза трех стран(США, Россия, Беларусия)!!!
Принеся документы, Бармен направляет Шрама к Сидоровичу тот дает еще пару миссий. После их выполнения придя к торговцу, он говорит, что у Бармена есть срочное дело!
Бармен отправляет Шрама на Янтарь (по просьбе Призрака)! Там Сахаров говорит, что Призрак отправился в лабораторию!(в лаборатории теперь осела группа ученных) Шрам рванул за ним, найдя, его он узнает про Доктора, который находится на Военных складах (там, где Череп сидит, только в доме напротив, т.к. теперь Череп со своей гопкой сидят на Баре).
Доктор даст декодер от секретной двери на АЭС. Но перед этим Шрам должен принести из подземелья на «Выжигателе» документы. На территории «Выжигателя» идет война все воюют между собой не исключение и ЧН, а также монстры.
После этого Шрам отправляется на Припять где его ждет передовой отряд ЧН, и они все вместе продвигаются до гаража (как в оригинале только теперь вместо одиночек ЧН)
Добравшись до АЭС на ней ждет его почти весь отряд ЧН включая лидеров. Монолитовцев очень много, прорываясь внутрь станции он уничтожает  центр управления Монолитом. Выйдя наружу он видит картину: все Монолитовцы стали нейтралами.
Разговаривает с Лебедевым в разговоре можно выбрать «отправится домой» (закончить игру) или «погулять по Зоне»! Выбрав второе можно просто походить по локациям и если надоест «отправиться домой» (закончить игру) поговорив с Сидоровичем!!!